Organismes unicellulaires, simples ce qui veut dire qu'ils ne sont constitués que d’une seule cellule. Selon la classification cladistique, les protistes parasites appartiennent principalement aux groupes taxonomiques suivants : les Apicomplexa (ex : Plasmodium spp. Cryptosporidium spp.), les Métamonadines (ex : Giardia spp.), les Parabasaliens (ex : Trichomonas spp.), les Mycétozoaires (ex : Entamoeba spp.), les Percolozoaires (ex : Naegleria spp.), les Euglénobiontes (ex : Trypanosoma spp., Leishmania spp.). Il est à noter que les Microsporidies (ex : Pleistophora spp., Glugea spp.), classés parmi les champignons sont également unicellulaires.