L'examination des fillets ou de la cavité viscérale de poissons est réalisée soit à bord soit au laboratoire (IFREMER Nantes, ANSES Boulogne s/mer, hôpital Cochin Univ. Paris Descartes) dans le but d'augmenter le nombre d'échantillons traités.

La dissection des poissons est standardisée entre les laboratoires. Une fois isolés, les parasites sont distribués entre les partenaires pour l'identification moléculaire finale.

- Examination microscopique, histologique et ultrastructurale pour identifier les Protistes, Myxozoaires et Microsporidies (BDEEP Institut Pasteur de Lille, ANSES Boulogne s/mer)

- Analyses moléculaires des larves d'Anisakidés (IFREMER Nantes, ANSES Boulogne s/mer)

- Analyses moléculaires des larves plérocercoïdes (hôpital Cochin Univ. Paris Descartes)

- Analyses moléculaires de Cryptosporidium spp. (BDEEP Institut Pasteur de Lille)

- Tester la capacité des isolats de Cryptosporidium de poisson à infecter l'hôte mammifère (BDEEP Institut Pasteur de Lille).