Le projet s'articule entre différentes tâches de travail.

• La tâche 1 est la tâche de coordination des missions entre tous les partenaires. Elle est réalisée à l'Institut Pasteur de Lille (par Eduardo Dei-Cas et Cécile-Marie Aliouat, équipe BDPEE).
• La tâche 2 est dédiée à la collecte et à la dissection des poissons en mer, à terre auprès des mareyeurs ou en eau douce (lacs Léman, du Bourget ou d'Annecy)
• La tâche 3 vise à détecter les parasites (Anisakidés, Diphyllobothridés, Cryptosporidium), les identifier par des techniques de biologie moléculaire, renseigner la base de données PARAFISH et analyser statistiquement ces données.
• La tâche 4 a pour but de développer un système de vision intelligente permettant de détecter plus systématiquement les larves d'Aniskidés dans les filets de poisson.
• La tâche 5 vise à diffuser le savoir accumulé au cours de cette action Fish-Parasites vers les professionnels de la filière mais aussi vers le grand public afin que ceux-ci connaissent mieux le risque lié aux parasites de poisson. Pour ce faire, ont été mis en place: une plateforme d'identification des parasites de poisson à l'ANSES de Boulogne s/mer ouverte aux professionnels, le présent site internet accessible par le grand public et des sessions de formation continue ouvertes aux professionnels de la filière pêche.

Des sessions de formation continue sur les parasites de poisson sont organisées à l'Institut Pasteur de Lille et animées par les partenaires du projet.

Ces formations intéressent tous les acteurs de la filière pêche: pêcheurs, mareyeurs, services vétérinaires, commerçants, grande distribution, industriels, etc.

L'examination des fillets ou de la cavité viscérale de poissons est réalisée soit à bord soit au laboratoire (IFREMER Nantes, ANSES Boulogne s/mer, hôpital Cochin Univ. Paris Descartes) dans le but d'augmenter le nombre d'échantillons traités.

La dissection des poissons est standardisée entre les laboratoires. Une fois isolés, les parasites sont distribués entre les partenaires pour l'identification moléculaire finale.

- Examination microscopique, histologique et ultrastructurale pour identifier les Protistes, Myxozoaires et Microsporidies (BDEEP Institut Pasteur de Lille, ANSES Boulogne s/mer)

- Analyses moléculaires des larves d'Anisakidés (IFREMER Nantes, ANSES Boulogne s/mer)

- Analyses moléculaires des larves plérocercoïdes (hôpital Cochin Univ. Paris Descartes)

- Analyses moléculaires de Cryptosporidium spp. (BDEEP Institut Pasteur de Lille)

- Tester la capacité des isolats de Cryptosporidium de poisson à infecter l'hôte mammifère (BDEEP Institut Pasteur de Lille).